Clash II to turowa gra strategiczna, w której gracz otrzyma szansę zanurzenia się w roli dowódcy jednej ze skłóconych frakcji. Akcja ma się toczyć pięćdziesiąt lat po wydarzeniach z oryginału; czystowiercy wygrali wojnę i śmiało szerzą swoją religię na ziemiach Karkhanu, co jednak spotyka się z oporem ze strony innowierców.